第五次圣杯战争结束半年后。在那里存在着再次出现的从者和安稳的日常生活。虽然这是本不可能存在的现实，但前圣杯战争参加者们对此并不抱有疑问。然而，圣杯战争又重新开始了。夜晚，冬木镇上出现了神秘的野兽和率领它们的少女。上一次圣杯战争的胜利者卫宫士郎开始着手调查和解决这一不可思议的事态。在从伦敦回国的远坂凛、怀着神秘的意图向士郎提出建议的吉尔伽美什，以及作为搭档的Saber等人的协助下，士郎开始追查重新开始的圣杯战争的真相。
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第五次圣杯战争结束半年后。在那里存在着再次出现的从者和安稳的日常生活。虽然这是本不可能存在的现实，但前圣杯战争参加者们对此并不抱有疑问。然而，圣杯战争又重新开始了。夜晚，冬木镇上出现了神秘的野兽和率领它们的少女。上一次圣杯战争的胜利者卫宫士郎开始着手调查和解决这一不可思议的事态。在从伦敦回国的远坂凛、怀着神秘的意图向士郎提出建议的吉尔伽美什，以及作为搭档的Saber等人的协助下，士郎开始追查重新开始的圣杯战争的真相。